À la fin du XIXe siècle, le lieu est habité presque exclusivement par des "Turco-Crétois", Crétois convertis à l'Islam lors de l'occupation ottomane. Entre 1900 et 1904, date de l'entrée de lépreux sur l'île, ils quittent peu à peu leur cité.
Aux avantages pécuniaires d’un lieu qui ne nécessitait aucun aménagement – les lépreux occuperaient les habitations des anciens propriétaires –, s’ajoute un choix politique. Même si le fort ne présente plus aucun intérêt militaire, le gouvernement crétois ne voit pas d’un bon œil cette concentration ottomane dans Spinalonga. Jouant sur le sentiment nationaliste, il va, par sa décision, réussir une double opération : expulser ces intrus pour le plus grand profit de la population régionale et loger à bon compte les lépreux des meskiniès. (AA, p. 405)